联合聚类非线性相关的时序基因表达数据

为聚类非线性相关的数据对象,引入广义信息论中二次互信息作为相似性度量,利用矩阵理论降低了二次互信息的计算量,并结合滑动窗口技术,建立了一种时序数据非线性相关模型.在此基础上提出了适用于时序基因表达数据的确定性联合聚类算法MI-TSB.该算法将时序数据转化为抽象字符序列,然后插入到MI-泛化后缀树中,避免了穷举各种组合,从而快速索引全部聚类结果.实验结果显示MI-TSB算法具有良好的运行性能,成功聚类出非线性相关的对象;利用Gene Ontology对聚类结果进行基因注释,也验证了聚类结果的生物学意义.     

聚类分析中类数估计方法的实验比较

在基因表达数据的探索性聚类分析中,聚类个数的确定是决定聚类质量的关键因素。许多聚类有效性评价指标和方法可用于PAM聚类算法。该文讨论适合于PAM算法的7种常用评价指标和方法,采用4种不同聚类结构特征的基因表达数据对它们的性能进行实验比较。结果表明,系统演化方法和稳定性方法估计聚类个数的性能最好,正确率分别为100%与90%。     

用GEP实现传感器网络多源时域数据融合

本文提出了一种基于基因表达式编程GEP的多源时域数据融合模型GEP-MSDA,该模型可以在无任何先验知识的情况下自动对多源数据进行融合。实验表明,基于GEP的融合模型较传统方法能滤除更多的冗余数据,有效节省通信开销,并保持较高的精度。     

基于改进Multi-Agent系统的基因表达数据的分析与研究

通过介绍改进的多代理系统在分析基因表达数据中的应用,揭示了运用普通分类器找出有效的分类基因,而且这些普通分类器在研究基因表达数据库时可被代理使用.这样就可得到一个具有大量基因特征的小子集,并且用它可以帮助辨认病人的临床状况和特征.实验表明代理通过改进和相互协作可改进其性能,并通过两个著名的基因表达问题来展示项目的研究成果,而且使得量度的准确性在维数增加时变得不很敏感.     

基因序列Z曲线的生成和显示

DNA序列是生物遗传信息的载体.基因序列的Z曲线可以将字符表示的基因序列转换为直观的空间曲线,利用人脑对图形图像的理解能力,提高基因序列判别的效率和准确度.为方便观察基因序列的整体特性,采用基于点序的包围盒采样方法生成不同密度的序列点集.用非均匀B样条拟合Z曲线,得到空间Z曲线及其在XOY、YOZ、XOZ三个面上的二维投影,为基因序列的分析、对比提供直观方便的工具.     

基于基因库的新型检测器生成方法

提出一种新的检测器生成方法。由于非我样本中存在着关于非我空间的信息,提出通过统计非我样本中各属性的分布情况来构建基因库,并应用基因库来生成检测器的方法来检测入侵。应用KDDCup1999数据集,通过实验证明该方法能够生成检测率更高的检测器集。     

基于改进的基因表达式编程算法在作业车间调度问题中的应用

文章提出一种新颖的方法一改进的基因表达式编程算法来求解作业车间调度问题。作业车间调度问题是许多实际生产调度问题的简化模型,基因表达式编程算法结合了遗传算法和遗传编程的优点,具有更强的解决问题能力,对基因表达式编程算法进行改进使其在作业车间调度问题的应用上更加有效;最后应用一个实例来验证提出方法的有效性。     

基于稳定性的基因表达数据聚类算法选择

聚类是一种常用的基因表达数据处理手段,然而它又是主观的,如何选择符合数据内在分布的聚类算法成为目前急待解决的问题.根据经验,当选择最佳簇数k后,采用合理的聚类算法对目标数据重复聚类时,结果稳定性较好.因此提出一种基于稳定性的聚类算法选择.该方法将聚类结果的簇间分离度、簇内紧致度和聚类结果稳定性三者结合起来.在验证和应用三组数据时发现,比传统的评估方法,基于稳定性的聚类算法选择更客观、更可靠.     

零件语义关系几何模型及其基因编码

为完整描述零件信息,通过分析零件的静态特征构成,定义拉伸和旋转等6种特征操作算子;研究特征间的动态语义关系,得出“和约束特征”和“并约束特征”两种合理性约束特征;将两者有机结合,实现静态特征间的动态语义连接,建立基于特征造型技术的零件语义关系几何模型（Part Semantic Relationship Geometry Model,PSRGM）．根据模型树的动态生成过程以及特征编码结构,完成特征基因编码,实现零件特征序列的DNA编码．以曲轴为例,说明该方法的应用．     

基于支持向量机的特征提取方法研究

基因表达数据的一个重要应用是给组织样本进行分类。在基因表达数据中,基因的数量相对于数据样本的个数通常比较多;也就是说,可以得到变量数（基因数）远远大于样本数的数据矩阵。过高的维数（变量或基因数）将给分类问题带来极大的挑战。本文提出结合一种新的特征提取方法——非相关线性判别式分析方法（ULDA）和支持向量机（SVM）分类算法,对结肠癌组织样本进行分类识别。并同其它方法作了比较研究,结果表明了该方法的可行性和有效性。